Nell'anno 2999 solo undici città sono ancora abitate sulla Terra. Il clima è cambiato drasticamente e un'apocalisse biochimica ha fatto estinguere le donne. Per secoli la popolazione maschile è sopravvissuta dipendendo da una sola donna, chiamata Santa Madre, i cui ovuli vengono raccolti per creare bambini geneticamente modificati. Ormai, qualsiasi concetto di mondo in cui le donne esistano come persone normali è sparito da tempo; la società si è ristrutturata attorno a famiglie composte da soli uomini e le relazioni gay sono diventate la norma.
La storia di "Marginal" inizia con l'assassinio della Santa Madre a opera di un terrorista noto come Grinja. Il governo al potere non vuole scatenare il panico, quindi ha dichiarato che la Santa Madre ha abbandonato la sua forma terrena e che risorgerà in un prossimo futuro. In realtà, dietro le quinte c'è chi sta tentando di creare un nuovo essere portatore di un cromosoma XXY: un maschio in grado di procreare. Kira, uno dei frutti di questi esperimenti, è il protagonista di questa avvincente storia.